I Fieschi possedevano beni nel territorio di Santa Margherita almeno dall’inizio del XIII secolo: nel 1209 Alberto Fieschi, fratello di papa Innocenzo IV, vendeva alla chiesa di Santa Margherita una terra nella zona di Pescino, in località Casa. Qualche anno più tardi un altro fratello del pontefice, Ruffino Fieschi, divenne abate della vicina abbazia di San Fruttuoso di Capodimonte. Successivamente avrebbero ottenuto la medesima carica alcuni religiosi di spicco di casa Fieschi: il discendente di un altro fratello di Innocenzo, il cardinale Ludovico (1401-13), quindi Lorenzo (1487-1518), che ebbe in commenda l’abbazia insieme alle chiese di Santa Margherita e di San Siro. Queste due parrocchie sarebbero state poi tenute da Obietto e Urbano Fieschi fino alla metà del XVI secolo.
Documenti seicenteschi testimoniano, presso il borgo di Corte, l’esistenza della località In Fiesco, sulla quale sarebbe poi sorta Villa Chiavari, oggi Durazzo, in posizione strategica, dominante sui borghi di Pescino e di Corte, nonché sugli accessi al mare e sulla strada di crinale diretta a Ruta e all’abbazia di San Fruttuoso.
Il borgo di Pescino (da Portofino a San Giacomo di Corte e San Siro) nel XVII secolo costituiva invece uno dei sestieri compresi nella Podesteria, poi Capitaneato di Rapallo, sottoposta al dominio di Genova, le cui vicende seguì fino all’epoca moderna.
Nel luglio 1798, a seguito della costituzione della nuova Repubblica Ligure Democratica, Pescino e San Giacomo divennero due Cantoni autonomi. Fu Napoleone, nel 1812, a riunirli in un unico Comune denominato Porto Napoleone. Con l’ingresso della Liguria nel Regno Sardo, il Comune fu chiamato Santa Margherita di Rapallo ed amministrato da un Consiglio degli Anziani presieduto da Gerolamo Costaguta. Dal 1863 assunse il nome attuale, per volontà di re Vittorio Emanuele II.