Per alcuni studiosi Moconesi sarebbe menzionato già nella Tavola di Polcevera del 117 a.C. Si tratterebbe di un ligure romanizzato, al quale sarebbe stato attribuito un fundus, (un appezzamento di terreno da coltivare), come nei casi delle vicine località di Cassius (da cui Cassanesi), Corelius (Coreglia) o Certinus (Certenoli). Come che sia, il territorio fu certamente antropizzato da diverse tribù liguri che avrebbero lasciato traccia in diversi altri toponimi, come quella dei liguri Binbelli (nell’ultimo tratto della Lavagna) e dei Lævi (Leivi). Il territorio di Moconesi fu interessato da diversi itinerari locali che - come un po’ per tutta la Val Fontanabuona - servivano da raccordo fra la Riviera e gli Appennini, da dove era possibile raggiungere la Pianura Padana. Soprattutto a Gattorna, l’antica Tavernula, i percorsi si incontravano con la viabilità di fondovalle ed è proprio in località Tavernula che frate Guglielmo Eremita volle erigere, nel luglio 1174, una chiesetta intitolata ai Santi Giacomo, Maria e Lorenzo. Con il tempo la struttura andò ampliandosi e alla metà del Duecento era definita “monastero”. Assolse anche alla funzione di ospitale per pellegrini, ma cadde in disuso dalla seconda metà del Quattrocento e fu demolita nel XIX secolo.
Il territorio di Moconesi, dopo l’iniziale parziale annessione ai beni dell’Avvocazia (il patrimonio della Chiesa ambrosiana, esule a Genova a causa delle ostilità con i Longobardi), entrò nell’orbita del Comune di Genova, che la incardinò nella giurisdizione della podesteria di Rapallo (in Val Fontanabuona vi appartenevano Moconesi, Ferrada, Gattorna, Cicagna, Serra, Verzi, Pianezza, Lorsica, Monteghirfo, Favale, Orero, Soglio, Dezerega, Coreglia, Canevale), nella quale restò fino alla soppressione della Repubblica di Genova (ad eccezione per il breve periodo, verso il 1389, nel quale la Val Fontanabuona passò sotto la giurisdizione della podesteria di Cicagna, presto soppressa).
Nel XVI secolo si registra la presenza di alcuni ecclesiastici di casa Fieschi: nel 1506 l’arciprete titolare della pieve di Cicagna cedeva la cura di Cicagna, Moconesi e Dezerega (oggi frazione di Coreglia Ligure) a Lodisio Fieschi; Santa Margherita di Moconesi ebbe poi altri due rettori della famiglia: Ibleto nel 1535, Gerolamo nel 1588.